学院现拥有水产和生物学2个一级学科硕士学位授权点和1个渔业发展专业硕士学位授权点。水产学科下设水产养殖、捕捞学、渔业资源3个目录内二级学科，水产遗传育种与繁殖、水产动物营养与饲料学、水产医学3个目录外二级学科。在2016年全国第四轮学科评估中成绩为B，2017年入选辽宁省“双一流”学科建设名单。生物学科于2000年获得硕士学位授予权， 2008年被评为辽宁省重点学科，2009年评为辽宁省优势特色学科。学科下设水生生物学、生物化学与分子生物学、微生物学和生理学4个二级学科。渔业发展学科于2002年获得硕士专业学位授权，本学科侧重于研究我国北方地区内陆渔业水体和环黄渤海海洋区域的水产养殖、渔业资源、渔业装备、疫病防控、渔政管理及休闲渔业。
